21 января 1974 г. было получено свидетельство на эмблему КНИИЭКОТ (дерево в кольце аппарата Илизарова и руки, которые заботливо поддерживают молодое дерево). Автор данной эмблемы – художник Владимир Истомин.

Прототипом стала международная эмблема ортопедии – выпрямляемое дерево. Только вместо закрепляющей веревки и стержня – конструкция из колец и спиц, придуманная Илизаровым.

В 1979 году академик Г.А. Илизаров говорил:

- Когда решался вопрос, какой быть эмблеме Курганского научно-исследовательского института экспериментальной и клинической ортопедии и травматологии, мы в поисках идеи остановились на мысли великого Н.И. Пирогова. Николай Иванович говорил, что если вы уже имеете убеждение, что деятельность ваша будет полезна, тогда, никого не спрашиваясь, верьте себе, и труды ваши будут именно теми, чего вы хотите…. Если нет, то ни советы, ни одобрение не помогут. Дело без внутреннего убеждения, выработанного наукой самосознания, все равно, что дерево без корня. Поэтому не надо удивляться, что в эмблеме института вычеканено: из теплых человеческих рук тянется вверх молодое деревце с зелеными листьями.

Эмблема клиники размещалась на центральных воротах со стороны ул. Карбышева. В 1983 году вылитый из чугуна логотип на ворота КНИИЭКОТ изготовили на заводе в г. Касли Челябинской области.

Товарный знак всегда украшал корпоративную сувенирную продукцию, подарки, приветственные адреса, награды.

Спустя годы эмблема претерпела многочисленные трансформации.

Сегодня объемная инсталляция эмблемы Центра Илизарова украшает центральную аллею клиники и в виде плоского логотипа размещена на фасаде здания НМИЦ ТО имени академика Г.А. Илизарова Минздрава России.